al encender siempre comprueba el disco

hola.
he cambiado el disco que tenia por un iomega Prestige usb 3.0 de 1 tera, he formateado y me ha hecho 5 particiones,y en grabaciones me dice que solo tengo 500
megas, pero el problema es que al apagar el giga, cuando lo vuelvo a encender(apagado lento) me dice que ha sido desmontado incorrectamente y me hace una comprobacion de las particiones, cuando no se ha desmontado incorrectamente.
¿sera problema del disco que no vale para el giga, o tengo algun parametro mal puesto?por lo demas, funciona perfectamente.
gracias de antemano por las respuestas. y un saludo

Entra por ftp (usuario: root y password: l1nux) y descarga el archivo /var/log/messages para ver si puede verse el motivo por el cual se ha desmontado incorrectamente.

En algún disco concreto que le cuesta mucho apagarse hay que hacer una pequeña espera al apagarse con sleep para evitar este problema.